同志社大学共设有11个研究中心及机构，分别是：语言文化教育研究中心、人文科学研究所、美国研究所、理工学研究所、基督教文化中心、同志社校史资料中心、研究开发推进机构、高等教育研究机构、综合信息中心和历史资料馆。迄今为止已经有“一神教的多学科研究中心”和“技术、企业、国际竞争力研究中心”两个项目入选了文部科学省的21世纪COE(Center of Excellence)计划。该计划的目的是建成世界一流的研究和教育中心。
同志社大学作为获得高度评价的日本教育机构之一，在对学生进行广泛的文科教育的同时，还在商贸及科学领域展开研究。学校设置了神学、文学、社会学、法学、经济学、商学、政策学、文化信息学、工学等学院，如今已发展成为了一所综合型大学。
同志社大学通过奖学金制度及互换留学计划等，促进国际合作与国际交流。现今同志社大学已经同29个国家的百余所大学签订了交换留学协议，其中包括中国的复旦大学、西北大学、中国海洋大学、中国人民大学、武汉大学、西安电子科技大学、西安交通大学和香港中文大学。
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