理工学科
位于代表日本高教育区域的关西学研都市,拥有世界高级的实验设备,在这里可以接受从基础到先端的教育
神学科
同志社大学神学院·神学研究科成立于建校之初，在日本同类学校中历史悠久。1920年大学法颁布直到1948的该法的修改，神学科一直所属于文学院。在这期间，学院培养了大批的基督教神父、教父和社会工作者。学院还就一神教，如犹太教、基督教和伊斯兰教等相关的学科进行大量研究和学习。
文学科
文学院于2005年4月进行了改组再编，分成两个独立的学院：文学院和社会学院。文学院主要由六个学科组成：英文学科、哲学科、心理学科、美学艺术学科、文化史学科以及日本文学科。
社会学科
社会学院主要由五个学科组成：社会学科、社会福利学科、媒体·新闻·传播学科、产业关系学科、教育文化学科。
法学科
法学研究科的历史早可以追溯到1891年成立的同志社政法学校。1912年，教育部特批该校为“同志社大学政治经济学院（后改为法学院）”。1920年，新的大学法颁布后，该学院分为两个学科：政治学科和经济学科。大学法于1948年修订后，两个系分别发展为法律学院和经济学院。1954年学院开设了夜校班。1950年设立了政治学专攻、私法学专攻、公共法学专攻的硕士课程，1953年增加了政治学专攻、私法学专攻的博士课程，公共法于1975年设立博士生点。法学院·法学研究科旨在培养学生法律和政治的分析技能和知识，使他们能理解当今国际环境下的法律和政治问题。
经济学科
经济学院的教育旨在使学生熟悉现代社会经济的方方面面，并掌握一些分析经济问题的技巧。教学课程设计的目的是使学生掌握推动经济发展和应对变化的能力。经济本科的教学除了普通课程，还包括外语和数学。课题研究主要是为了培养学生发现社会问题及解决问题的能力。研究科的教学目的主要是为了使学生毕业后能成为经济分析专家或经济学家。同时，学生也能获得成为大学教师或经济实业家所需的基础知识和技巧。
商学科
商学院前身为京都岩仓所设立的同志社专科学校高等商业部（后改称同志社经济专科学校），于1922年成立。1949年，该学院在同志社大学的重组中发展为商学院，大大增强了师资力量，丰富了图书资源和研究器材，同时还成立了研究生院的硕士点，后来又发展设立了博士点。长期以来，学院培养出大批的毕业生，并在日本各地商业中崭露头角，做出了杰出贡献。作为学术项目的组成部分，学院学生在大三到大四期间必须加入某个指定的或普通的课题组。该课题无论是由一人完成或合作达成，加入课题组都能帮助学生提高研究水平，顺利地完成论文。
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