前身是由明治六大教育家之一的新岛襄于1875年创立的同志社英学校。虽然融合了基督教新教徒的各教会，但与所谓的教会学校性质不同，并非以基督教传教为主要目的。

建学精神的基础为基督教精神的[良心]。新岛襄提出，要以培养“凭良心行事之人”为建学的目的。他希望能以基督教义为基础，不断培养出德智双全，“全身充满了良心”的人才。作为具体实现“良心”教育教学理念的手段，他提出了“基督教主义”“自由主义”及“国际主义”，以通过这些“主义”为世间输送能担当得起“一国之良心”的人物为目标。今出川及京田边两个校区的正面入口处，至今还有新岛襄亲笔所书的碑文：期待全身充满良心的青年会出现。另有新岛生前所留字句如下： “凡入吾校者，可为政治家、可为宗教家、可为实业家、可为教育家、可为文学家、有反骨气节者皆可。惟不可有优柔寡断贪图安逸之辈、苟且姑息毫无风骨之徒。此为吾之切望，衷心希翼。”

—新島襄

同志社的校名既是“集志同道合之人创立结社”之意。